Обяснение:

RewriteEngine on 
Options +FollowSymlinks +Indexes
RewriteBase/ 
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.ваш сайт хостинга\.ваш домен хостинга \.ru$ 
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?(.*)\.ваш сайт хостинга\.ваш домен хостинга \.ru$ 
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/)?папка субдоменов/ 
RewriteRule ^(.*)$ /папка субдоменов/%2/$1

Пример:

RewriteEngine on 
Options +FollowSymlinks +Indexes
RewriteBase / 
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.site\.ru$ 
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?(.*)\.site\.ru$ 
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/)?sub/ 
RewriteRule ^(.*)$ /sub/%2/$1

Создаете папку в папке субдоменов имя папки будет соответствовать субдомену.

DocumentRoot /webhosts/
[...]
<VirtualHost *>
ServerAlias www.yourdomain.com
ServerName www.yourdomain.com
RewriteEngine  on
RewriteCond    %{HTTP_HOST}  ^yourdomain.com
RewriteRule    ^(.*)$        /www/$1 [L]
RewriteCond    %{HTTP_HOST}  ^www.*
RewriteRule    ^(.*)$        /www/$1 [L]
RewriteCond    %{HTTP_HOST}  ^(.*)\.yourdomain\.com
RewriteRule    ^(.*)$        /%1/$1 [L]
</VirtualHost>

Обьявить файл/путь 404 ошибки?:

ErrorDocument 404 index.php?err=404

Разрешить доступ к определённому типу файлов?:

<FilesMatch ".">
order allow,deny
deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "(index.php|.(html|htm|css|js|gif|jpe?g|png) )$">
order allow,deny
allow from all
</FilesMatch>
RewriteEngine On
RewriteRule !.(html|htm|css|js|gif|jpe?g|png)$ index.php

Защитить от SQL-инъекций? (враг уйдёт на 404):

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^/([0-9/a-zA-Z_-.]{1,256}) index.php?q=$1 [L]

Сделать виртуальный путь, и передать в файл через GET?:

RewriteRule ^notes(\/?)$ index.php?mode=notes

Регекспы? Числа от 0-9:

RewriteRule ^([0-9]+)\/([0-9]+)\/([0-9]+)\/([0-9]+)\/$ index.php?a=$1&b=$2&c=$3&d=$4

Символ минус и числа в строке?:

RewriteRule ^no\-tags\~([0-9]+)(\/?)$ index.php?mode=no_tags&page=$2

PS: Симпл директивы %) А вообще синтаксис очень перлоподобный :)